Dr. Aurele Vuillemin

Wissenschaftler
Dr. Aurele Vuillemin
Haus A 71, Raum 426
Telegrafenberg
14473 Potsdam

Funktion und Aufgaben:

Projektmanager des FET Projekt PROSPECTOMICS

Wissenschaftliche Interessen:

Nach einem Master in Carbonatsedimentologie wechselte ich auf die Geomikrobiologie und untersuchte mikrobielle Populationen in zwei Lacustrin-Systemen, nämlich einem stickstoffbegrenzten periglazialen See (Laguna Potrok Aike) und einem phosphorbegrenzten tropischen See (Danau Towuti). Dann konzentrierte ich mich auf Aktivitäten in der tiefen Biosphäre in Abgrundton aus dem Nordatlantik mittels DNA/RNA-Illumina-Sequenzierung. Derzeit arbeite ich als Projektmanager im Rahmen PROSPECTOMICS daran, die geologische und geophysikalische Prospektion von Kohlenwasserstoffen durch molekulare Werkzeuge zu ergänzen.

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PROSPECTOMICS

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Karriere:

10.2017-12.2020: Postdoc-Forschung: Next Generation Sequencing Surveys der marinen Tiefenbiosphäre weisen eine hohe taxonomische Vielfalt nach, berücksichtigen aber weder ökologische Funktionen noch Wachstumsraten. Meine Arbeit ging dieses Problem an, indem ich sowohl DNA als auch RNA aus oxischem und anoxischem tiefem Abgrund des Nordatlantiks extrahierte. Wir wendeten quantitative PCR-Assays an, die auf taxonomische und funktionelle Gene abzielen, und Illumina-Sequenzierung von 16S-rRNA-Genen, metagenomischen und metatranskriptomischen Bibliotheken. (LMU München, Orsis Labor)

04.2015-06.2017, Eigene Stelle DFG-Stipendium (VU 94/1-1): Untersuchung der Bildung von authigenen Mineralien im Zusammenhang mit mikrobieller Aktivität in eisenhaltigen Sedimenten aus dem Towuti-See, Indonesien. Diese Forschung war Teil des ICDP-finanzierten Towuti-Bohrprojekts. Mikrobielle Reduktionsprozesse und der Abbau organischer Stoffe im Sediment führen zu einer Neubildung von Mineralien während der frühen Diagenese (z. B. Siderit, Magnetit, Vivianit). Mineralmerkmale und Isotopenzusammensetzungen wurden mit mikrobiellen Ansammlungen (d. h. Umwelt-DNA) verglichen und als moderne Biosignaturen für die eisenhaltigen Ozeane des Proterozoikums verwendet. (GFZ-Potsdam)

10.2013-03.2015, Early Postdoc.Mobility SNF-Beitrag (P2GEP2_148621): Adressierte den Zusammenhang zwischen Biogeochemie und mikrobiellen Populationen in den Sedimenten des Lake Towuti, Indonesien. Aufgrund seiner eisenreichen Umgebung ist der See ideal, um Metallreduktionsprozesse und deren Einfluss auf die Sedimentzusammensetzung während der frühen Diagenese zu untersuchen. (GFZ-Potsdam)

07.2008-06.2013, Dissertation: "Characterizing the Subsurface Biosphere in Laguna Potrok Aike Sediments (Argentinien) – a Case Study -" konzentrierte sich hauptsächlich auf tiefe mikrobielle Populationen im Sediment des Maarsees Potrok Aike, Argentinean Patagonia (ICDP-finanziertes PASADO-Projekt Der Ansatz umfasste mikrobiologische und geochemische Methoden wie 16S-rRNA-Fingerprinting (DGGE, Klonen, Illumina), Zellzählung, Methan- und Fettsäurebiogeochemie und ihre verwandten Isotopenzusammensetzungen, Porenwasserchemie, Phosphorspeziation und andere. Diese Arbeit wurde mit dem CHGEOL Award 2013 ausgezeichnet.

08.2006-04.2008, Masterarbeit: „Beitrag zur Untersuchung der Zementstratigraphie mit einem multimethodischen Ansatz“ beschäftigte sich mit der Karbonatdiagenese mittels Kathodolumineszenz, Röntgenmikrofluoreszenz, Fluoreszenzmikroskopie, Flüssigkeitseinschlüssen und Bildanalyse. Dieser Master wurde 2008 mit dem ELSTE-Preis ausgezeichnet. (Universität Genf)

Werdegang / Ausbildung:

Seit Februar 2021: Manager des Projekt PROSPECTOMICS, GFZ Potsdam

2017-20:  Postdoc Stelle, LMU München

2015-17: DFG Eigene Stelle, GFZ Potsdam

2013-15: SNSF Stipendium, GFZ Potsdam

2008-13: PhD in Erd- und Umweltwissenschaften im Bereich Geomikrobiologie, Universität Genf

2007-08: Master's in in Erd- und Umweltwissenschaften im Bereich Sedimentologie, Universität Genf

2003-06: Bachelor's in Erd- und Umweltwissenschaften, Universität Genf

Projekte:

DFG Projekt VU94/3-1

DFG Projekt VU94/1-1

SNSF Projekt P2GEP2 148621

Auszeichnungen:

2020: Editor's Choice at FEMS Microbiology Ecology, Dezember 2020


2019-2020: LMU Mentoring Programm für Nachwuchswissenschaftler


2018: Editor's Choice at FEMS Microbiology Ecology, Februar 2018


2017-2019: LMU Mentoring Programm für Nachwuchswissenschaftler


2017: Seal of Excellence, Marie-Skłodowska-Curie Individual Fellowship 2016


2013: CHGEOL Award 2013, Ph.D Thesis


2008: ELSTE-Augustin Lombard Preis 2008, Master's Thesis

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