Dr. Aurele Vuillemin
Funktion und Aufgaben:
Projektmanager des FET Projekt PROSPECTOMICSWissenschaftliche Interessen:
Geologe mit einem Doktortitel in Geomikrobiologie und 10 Jahren Forschungserfahrung in mikrobieller Ökologie und Limnogeologie.
Ausgebildet in: Projektmanagement, wissenschaftliches Schreiben, Nasslaborverfahren, PCR-Techniken und Sequenzierung der nächsten Generation (barcodierte Bibliotheken, Metagenomik, Metatranskriptomik), Datenanalyse, Limnogeologie, stratigrafische Multiproxy-Methode, Mineralienautigenese, wissenschaftlichen Bohrungen und Probenahme vor Ort.
Nach einem Master in Carbonatsedimentologie wechselte ich auf die Geomikrobiologie und untersuchte mikrobielle Populationen in zwei Lacustrin-Systemen, nämlich einem stickstoffbegrenzten periglazialen See (Laguna Potrok Aike) und einem phosphorbegrenzten tropischen See (Danau Towuti). Dann konzentrierte ich mich auf metabolischen Aktivitäten in der tiefen Biosphäre in Abgrundton aus dem Nordatlantik und planktonisch-benthische mikrobielle Populationen in der namibischen Sauerstoffminimumzone, mittels DNA/RNA-Illumina-Sequenzierung. Derzeit arbeite ich als Projektmanager im Rahmen PROSPECTOMICS daran, die geologische und geophysikalische Prospektion von Kohlenwasserstoffen durch molekulare Werkzeuge zu ergänzen.
Externe Links:
Karriere:
10.2017-12.2020: Postdoc-Forschung: Next Generation Sequencing Surveys der marinen Tiefenbiosphäre weisen eine hohe taxonomische Vielfalt nach, berücksichtigen aber weder ökologische Funktionen noch Wachstumsraten. Meine Arbeit ging dieses Problem an, indem ich sowohl DNA als auch RNA aus oxischem und anoxischem tiefem Abgrund des Nordatlantiks extrahierte. Wir wendeten quantitative PCR-Assays an, die auf taxonomische und funktionelle Gene abzielen, und Illumina-Sequenzierung von 16S-rRNA-Genen, metagenomischen und metatranskriptomischen Bibliotheken. (LMU München, Orsis Labor)
04.2015-06.2017, Eigene Stelle DFG-Stipendium (VU 94/1-1): Untersuchung der Bildung von authigenen Mineralien im Zusammenhang mit mikrobieller Aktivität in eisenhaltigen Sedimenten aus dem Towuti-See, Indonesien. Diese Forschung war Teil des ICDP-finanzierten Towuti-Bohrprojekts. Mikrobielle Reduktionsprozesse und der Abbau organischer Stoffe im Sediment führen zu einer Neubildung von Mineralien während der frühen Diagenese (z. B. Siderit, Magnetit, Vivianit). Mineralmerkmale und Isotopenzusammensetzungen wurden mit mikrobiellen Ansammlungen (d. h. Umwelt-DNA) verglichen und als moderne Biosignaturen für die eisenhaltigen Ozeane des Proterozoikums verwendet. (GFZ-Potsdam)
10.2013-03.2015, Early Postdoc.Mobility SNF-Beitrag (P2GEP2_148621): Adressierte den Zusammenhang zwischen Biogeochemie und mikrobiellen Populationen in den Sedimenten des Lake Towuti, Indonesien. Aufgrund seiner eisenreichen Umgebung ist der See ideal, um Metallreduktionsprozesse und deren Einfluss auf die Sedimentzusammensetzung während der frühen Diagenese zu untersuchen. (GFZ-Potsdam)
07.2008-06.2013, Dissertation: "Characterizing the Subsurface Biosphere in Laguna Potrok Aike Sediments (Argentinien) – a Case Study -" konzentrierte sich hauptsächlich auf tiefe mikrobielle Populationen im Sediment des Maarsees Potrok Aike, Argentinean Patagonia (ICDP-finanziertes PASADO-Projekt Der Ansatz umfasste mikrobiologische und geochemische Methoden wie 16S-rRNA-Fingerprinting (DGGE, Klonen, Illumina), Zellzählung, Methan- und Fettsäurebiogeochemie und ihre verwandten Isotopenzusammensetzungen, Porenwasserchemie, Phosphorspeziation und andere. Diese Arbeit wurde mit dem CHGEOL Award 2013 ausgezeichnet.
08.2006-04.2008, Masterarbeit: „Beitrag zur Untersuchung der Zementstratigraphie mit einem multimethodischen Ansatz“ beschäftigte sich mit der Karbonatdiagenese mittels Kathodolumineszenz, Röntgenmikrofluoreszenz, Fluoreszenzmikroskopie, Flüssigkeitseinschlüssen und Bildanalyse. Dieser Master wurde 2008 mit dem ELSTE-Preis ausgezeichnet. (Universität Genf)
Werdegang / Ausbildung:
Seit Februar 2021: Manager des Projekt PROSPECTOMICS, GFZ Potsdam
2017-20: Postdoc Stelle, LMU München
2015-17: DFG Eigene Stelle, GFZ Potsdam
2013-15: SNSF Stipendium, GFZ Potsdam
2008-13: PhD in Erd- und Umweltwissenschaften im Bereich Geomikrobiologie, Universität Genf
2007-08: Master's in in Erd- und Umweltwissenschaften im Bereich Sedimentologie, Universität Genf
2003-06: Bachelor's in Erd- und Umweltwissenschaften, Universität Genf
Projekte:
DFG Projekt VU94/3-1
DFG Projekt VU94/1-1
SNSF Projekt P2GEP2 148621
Auszeichnungen:
2020: Editor's Choice at FEMS Microbiology Ecology, Dezember 2020
2019-2020: LMU Mentoring Programm für Nachwuchswissenschaftler
2018: Editor's Choice at FEMS Microbiology Ecology, Februar 2018
2017-2019: LMU Mentoring Programm für Nachwuchswissenschaftler
2017: Seal of Excellence, Marie-Skłodowska-Curie Individual Fellowship 2016
2013: CHGEOL Award 2013, Ph.D Thesis
2008: ELSTE-Augustin Lombard Preis 2008, Master's Thesis