Labor für Molekular-Mikrobiologie und Organische-Biogeochemie: GFZ

Labor für Molekular-Mikrobiologie und Organische-Biogeochemie

Das Labor für Molekular-Mikrobiologie und Organische-Biogeochemie der Forschungsgruppe Grenzflächen-Geochemie befasst sich mit den biologischen Aspekten im Zusammenhang mit Mikroben-Mineral-Grenzflächenreaktionen in kryogenen und nicht-kryogenen Umgebungen. Unsere Forschung befasst sich mit einer Reihe von kulturabhängigen und -unabhängigen Techniken sowie mit der Charakterisierung der Dynamik von gelöstem und partikulärem Kohlenstoff in verschiedenen Umweltproben.

Qubit 2.0 Flurometer — Qubit 2.0 Fluorometer *(Sec 3.5, GFZ)*

Eppendorf MiniSpin Centrifuge *(Sec 3.5, GFZ)*

Thermo Scientific - MySpin6 Centrifuge *(Sec 3.5, GFZ)*

PCR Workstation - AirClean Systems *(Sec 3.5, GFZ)*

PowerPac basic power supply (for gel electrophoresis) — PowerPac™ basic power supply (for gel electrophoresis) *(Sec 3.5, GFZ)*

Thermal PCR Cycler - Bio-Rad T100 *(Sec 3.5, GFZ)*

Thermo-shaker — Grant-Bio Thermoshaker *(Sec 3.5, GFZ)*

Standort: A71 - 271 / 273

Das Omics Lab ist derzeit mit allen Einrichtungen ausgestattet, um DNA-Extraktionen, Polymerase-Kettenreaktionen (PCR) und Gelelektrophorese durchzuführen. Aktuelle Forschung umfasst die Biodiversität und Funktionen von kryophilen Mikrobiomen mit Fokus auf Schnee- und Eisalgengesellschaften. Das Labor verfügt über die folgende Ausrüstung:

Midi-Konzentrator - RVC 2-25 CDplus
2 PCR-Arbeitsplatz - AirClean Systems AC600
Thermischer PCR Cycler - Bio-Rad T100
DNA- und RNA-Extraktionskits - MoBio Laboratories
Easycast Gel Elektrophoresekammer - Thermo Scientific
PowerPac Basic für die Gelelektrophorese - Bio-Rad
Qubit 2.0 Fluorometer – Invitrogen
MySpin6 Zentrifuge - Thermo Scientific
MiniSpin Zentrifuge - Eppendorf
Thermo-Schüttler - Grant-Bio
CX100 Cryogenic Shipper - Taylor Wharton

Hauptgeräte:

Niedrigtemperatur-Brutschrank

Kontakt: Dr. Helen Feord

Die Klimakammer (Percival LT-36VL) ermöglicht die Inkubation bei festgelegten gewählten Umgebungsparametern oder nach einem vom Benutzer eingestellten Programm mit der Möglichkeit, Tag-Nacht- oder saisonale Schwankungen zu imitieren. Es stehen Temperaturen zwischen -10 und 40 °C zur Verfügung, ebenso wie Schwankungen des Lichts (sichtbar, UV-A und UV-B unabhängig) und des CO2-Gehalts. Die Kammer wird verwendet, um supraglaziale Umgebungen im Labor zu reproduzieren und um Stress-Experimente an Mikroorganismen durchzuführen.

Real-time Thermischer PCR Cycler - qTOWER³ G touch

Kontakt: Dr. Helen Feord

Unser qTower³ G touch qPCR-Gerät hat ein 96-Well-Format und verwendet derzeit ein SYBR-Green-Modul, kann aber mit bis zu sechs für Multiplexing-Fähigkeiten ausgestattet werden. Eine Hauptfunktion dieses Systems wird die Auswertung von Stressparametern auf mikrobielle Gemeinschaften sein, die aus arktischen Schnee- und Eisproben gesammelt wurden.

Hettich Centrifuge (Universal 320) *(Sec 3.5, GFZ)*

Ice maker CoolNat ZBE 30-10 *(Sec 3.5, GFZ)*

Standort: E355

Die mikrobiologische Arbeit unserer Sektion wird in diesem Labor durchgeführt, da es über die Möglichkeit verfügt, ein breites Sortiment an Medien und sterilen Lösungen durch Filtration, Autoklavieren oder UV-Bestrahlung herzustellen. Zwei Kühlschränke sind für die Kultivierung kryophiler und kryotoleranter Mikrobenarten unter verschiedenen Lichtexpositionen vorgesehen. Darüber hinaus ermöglicht ein zirkulierendes Wasserbad die Kultivierung von Mikroorganismen bis zu 40 °C. Das Labor ist außerdem mit Bunsenbrennern, einer PCR-Kammer und einer biologischen Sicherheitswerkbank der Klasse II ausgestattet, um das Arbeiten in einer sterilen Umgebung zu erleichtern.

Bioclave 16 Autoclave - Benchmark Scientific
Zentrifuge Universal 320 - Hettich
MiniSpin Zentrifuge - Eppendorf
PCR-Arbeitsplatz - AirClean Systems AC600
Wasserbad MX11P100 - VWR
Eisbereiter CoolNat ZBE 30-10 - ZIEGRA

Hauptgeräte:

biologischen Sicherheitswerkbank der Klasse II

Kontakt: Dr. Helen Feord

Diese Laminar-Flow-Kabine (ENVAIR) gewährleistet dem Anwender mikrobiologisches Arbeiten unter Schutz vor Klasse-1- und Klasse-2-Erregern. Sie ermöglicht auch die Manipulation von Proben und Kulturen in einer sterilen Umgebung, um Kontaminationen zu vermeiden.

Standort: A71 - 275 / 277

Verfahren zur Lösungsmittelextraktion von Schnee- und Eisalgen oder -partikeln werden im Organische Mikrobielle Geochemie Labor durchgeführt. Diese Verfahren werden in Kombination mit Ultraschallbad, Schütteln und Festphasenextraktion durchgeführt. Die Verdampfung der organischen Extrakte mit Stickstoff- oder Argongas sowie verschiedene Zwischenschritte wie Mahlen, Ansäuern und Filtrieren werden ebenfalls in diesem Labor vorgenommen. Die anschließende Analyse erfolgt mit dem Shimadzu Total Organic Carbon Analyzer (TOC-L-CPH) mit ASI-L Autosampler oder FT-ICR Massenspektrometer (FT-ICR MS). Für letzteres werden die Messungen in Zusammenarbeit mit Sektion 3.2 oder mit externen Partnern bei der Arbeitsgruppe für Marine Geochemie der Universität Oldenburg oder der Ion Cyclotron Resonance Facility des The National High Magnetic Field Laboratory durchgeführt.

Das Labor verfügt über die folgende Ausrüstung:

Coolsafe 110-4 Pro Gefriertrockner - LaboGene
S 40 (H) Ultraschallbad - Elmasonic
Rotations-Vakuum-Konzentrator - Martin Christ
MiniSpin plus Zentrifuge - Eppendorf
L24/11 Muffelofen - Nabertherm
Schwingmühle MM 400 - Retsch
VXR Basic Vibrax Vortexschüttler - IKA
GCC-E Zentrifuge - Globe Scientific

Standort: A71 - 274

Der TOC-Raum beherbergt den Shimadzu Total Organic Carbon Analyzer (TOC-L-CPH) mit ASI-L Autosampler, der für die Analyse von Gesamtkohlenstoff, organischem Gesamtkohlenstoff und anorganischem Kohlenstoff verwendet wird, um den Kohlenstoffgehalt von Schnee, Eis und Sedimenten aus Umweltproben sowie deren biologische und geochemische Umwandlungsprozesse zu untersuchen. Vor der Analyse werden die Wasserproben in der biologischen Sicherheitswerkbank SafeFAST Classic der Klasse II vorbereitet und angesäuert (pH 2) im Kühlschrank gelagert.