Labor für Mikrobiologie und Molekularbiologie

Das Labor für Mikrobiologie und Molekularbiologie der Forschungsgruppe Grenzflächen-Geochemie beschäftigt sich mit der biologischen Seite von Mikroben-Mineral-Grenzflächen. Eine dieser Grenzflächen ist insbesondere das Mikrobiom, das mit Gletschern und Eisschildoberflächen assoziiert ist. Diese Forschung wird unter Verwendung einer Vielzahl von kulturabhängigen und -unabhängigen Techniken mit einer Reihe von spezialisierten Instrumenten durchgeführt, die unten aufgeführt sind.

Standort: A71 - 271 / 273

Das Omics Lab ist derzeit mit allen Einrichtungen ausgestattet, um DNA-Extraktionen, Polymerase-Kettenreaktionen (PCR) und Gelelektrophorese durchzuführen. Aktuelle Forschung umfasst die Biodiversität und Funktionen von kryophilen Mikrobiomen mit Fokus auf Schnee- und Eisalgengesellschaften. Das Labor verfügt über die folgende Ausrüstung:

  • Midi-Konzentrator - RVC 2-25 CDplus
  • 2 PCR-Arbeitsplatz - AirClean Systems AC600
  • Thermischer PCR Cycler - Bio-Rad T100
  • DNA- und RNA-Extraktionskits - MoBio Laboratories
  • Easycast Gel Elektrophoresekammer - Thermo Scientific
  • PowerPac Basic für die Gelelektrophorese - Bio-Rad
  • Qubit 2.0 Fluorometer – Invitrogen
  • MySpin6 Zentrifuge - Thermo Scientific
  • MiniSpin Zentrifuge - Eppendorf
  • Thermo-Schüttler - Grant-Bio
  • CX100 Cryogenic Shipper - Taylor Wharton

 

Hauptgeräte:

Niedrigtemperatur-Brutschrank

Kontakt: Dr. Helen Feord

Die Klimakammer (Percival LT-36VL) ermöglicht die Inkubation bei festgelegten gewählten Umgebungsparametern oder nach einem vom Benutzer eingestellten Programm mit der Möglichkeit, Tag-Nacht- oder saisonale Schwankungen zu imitieren. Es stehen Temperaturen zwischen -10 und 40 °C zur Verfügung, ebenso wie Schwankungen des Lichts (sichtbar, UV-A und UV-B unabhängig) und des CO2-Gehalts. Die Kammer wird verwendet, um supraglaziale Umgebungen im Labor zu reproduzieren und um Stress-Experimente an Mikroorganismen durchzuführen.


Real-time Thermischer PCR Cycler - qTOWER3 G touch

Kontakt: Dr. Helen Feord

Unser qTower3 G touch qPCR-Gerät hat ein 96-Well-Format und verwendet derzeit ein SYBR-Green-Modul, kann aber mit bis zu sechs für Multiplexing-Fähigkeiten ausgestattet werden. Eine Hauptfunktion dieses Systems wird die Auswertung von Stressparametern auf mikrobielle Gemeinschaften sein, die aus arktischen Schnee- und Eisproben gesammelt wurden.

Standort: E355

Die mikrobiologische Arbeit unserer Sektion wird in diesem Labor durchgeführt, da es über die Möglichkeit verfügt, ein breites Sortiment an Medien und sterilen Lösungen durch Filtration, Autoklavieren oder UV-Bestrahlung herzustellen. Zwei Kühlschränke sind für die Kultivierung kryophiler und kryotoleranter Mikrobenarten unter verschiedenen Lichtexpositionen vorgesehen. Darüber hinaus ermöglicht ein zirkulierendes Wasserbad die Kultivierung von Mikroorganismen bis zu 40 °C. Das Labor ist außerdem mit Bunsenbrennern, einer PCR-Kammer und einer biologischen Sicherheitswerkbank der Klasse II ausgestattet, um das Arbeiten in einer sterilen Umgebung zu erleichtern.

  • Bioclave 16 Autoclave - Benchmark Scientific
  • Zentrifuge Universal 320 - Hettich
  • MiniSpin Zentrifuge - Eppendorf
  • PCR-Arbeitsplatz - AirClean Systems AC600
  • Wasserbad MX11P100 - VWR
  • Eisbereiter CoolNat ZBE 30-10 - ZIEGRA

 

Hauptgeräte:

biologischen Sicherheitswerkbank der Klasse II

Kontakt: Dr. Helen Feord

Diese Laminar-Flow-Kabine (ENVAIR) gewährleistet dem Anwender mikrobiologisches Arbeiten unter Schutz vor Klasse-1- und Klasse-2-Erregern. Sie ermöglicht auch die Manipulation von Proben und Kulturen in einer sterilen Umgebung, um Kontaminationen zu vermeiden.

Standort: A71 - 275 / 277

Verfahren zur Lösungsmittelextraktion von Schnee- und Eisalgen oder -partikeln werden im Organische Mikrobielle Geochemie Labor durchgeführt. Diese Verfahren werden in Kombination mit Ultraschallbad, Schütteln und Festphasenextraktion durchgeführt. Die Verdampfung der organischen Extrakte mit Stickstoff- oder Argongas sowie verschiedene Zwischenschritte wie Mahlen, Ansäuern und Filtrieren werden ebenfalls in diesem Labor vorgenommen. Das Labor verfügt über die folgende Ausrüstung:

  • Coolsafe 110-4 Pro Gefriertrockner - LaboGene
  • S 40 (H) Ultraschallbad - Elmasonic 
  • Rotations-Vakuum-Konzentrator - Martin Christ
  • MiniSpin plus Zentrifuge - Eppendorf
  • L24/11 Muffelofen - Nabertherm
  • Schwingmühle MM 400 - Retsch
  • VXR Basic Vibrax Vortexschüttler - IKA
  • GCC-E Zentrifuge - Globe Scientific

Standort: A71 - 274

Der TOC-Raum beherbergt den Shimadzu Total Organic Carbon Analyzer (TOC-L-CPH) mit ASI-L Autosampler, der für die Analyse von Gesamtkohlenstoff, organischem Gesamtkohlenstoff und anorganischem Kohlenstoff verwendet wird, um den Kohlenstoffgehalt von Schnee, Eis und Sedimenten aus Umweltproben sowie deren biologische und geochemische Umwandlungsprozesse zu untersuchen. Vor der Analyse werden die Wasserproben in der biologischen Sicherheitswerkbank SafeFAST Classic der Klasse II vorbereitet und angesäuert (pH 2) im Kühlschrank gelagert.

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